Az egykori hatalmas mocsár- és lápvilág máig fennmaradt területei egyedülálló növény- és állattani, tájképi, néprajzi és kultúrtörténeti értékek menedékhelyei. A nemzeti park osztrák részét, az 1992-ben létrehozott, 9500 ha-os Nationalpark Neusiedler See-Seewinkel-t 1994-ben kapcsolták össze a magyar nemzeti parkkal. Azóta a két ország természetvédelmi szakemberei napi feladataikat összehangoltan végzik. A nemzeti parkban három zónát hoztak létre, az IUCN (Természetvédelmi Világszervezet) előírásai szerint. A természeti, vagy natúrzóna a nemzeti park érintetlen, fokozottan védett területeit foglalja magában (magterület), ahol csak minimális emberi tevékenység folyhat. A megőrző zónában továbbra is folyhat hagyományos, természetkímélő gazdálkodás (legeltetés, kaszálás, nádaratás); míg a környező vagy ütköző zónába a part menti részek, települések, a Fertőrákosi-öböl turisztikai szempontból jelentős területei tartoznak, ahol a táj- és környezetvédelmi előírások betartása a legfontosabb.